El microscopi electrònic de transmissió (TEM) és un instrument que aprofita els fenòmens fisicoatòmics que es produeixen quan un feix d’electrons suficientment accelerat col·lideix amb una mostra fina convenientment preparada. Quan els electrons col·lideixen amb la mostra, en funció del gruix i del tipus d’àtoms que la formen, una part d’aquests són dispersats selectivament, és a dir, hi ha una gradació entre els electrons que la travessen directament i els que són totalment desviats. Tots aquests són conduïts i modulats per unes lents per a formar una imatge final sobre una CCD que pot tenir milers d’augments amb una definició inassolible per a qualsevol altre instrument. La informació que s’obté és una imatge amb diferents intensitats de gris que es corresponen al grau de dispersió dels electrons incidents.

La imatge del TEM tal com s’ha descrit ofereix informació sobre l’estructura de la mostra, tant si és amorfa o cristal·lina.

A més, si la mostra és cristal·lina, és a dir, hi ha una estructura de plans periòdica, pot passar que diverses famílies d’aquests plans complisquen la condició de Bragg i difracten de manera coherent l’ona electrònica incident. Això dóna lloc a un diagrama de difracció, que és una imatge de diferents punts ordenats respecte d’un punt central (electrons transmesos no desviats) que ens aporten informació sobre l’orientació i l’estructura del/s cristalls presents.

El JEM-1400Flash és un TEM especialment dissenyat per a l'estudi de mostres materials. La seua font d'emissió és un càtode termoiònic amb filament de LaB6 i la tensió d'acceleració té un rang de 10 a 120 kV. La peça polar triada és la d'alta resolució (HR). La resolució d'aquest equip és de 0,14 nm entre línies en mode TEM.
El JEM-1400Flash està equipat amb una càmera amb sensor CMOS d'alta sensibilitat i molt baix nivell de senyal de soroll, integrada en el propi programari de control del microscopi. La seua resolució és de 2k x 2K, amb grandària de píxel de 21,7 x 21,7 micres i rang dinàmic de 16 bit amb velocitat d'adquisició a màxima resolució de 30 fps. També inclou un sistema de correcció de desplaçament en l'adquisició de les imatges.
El JEM-1400Flash inclou el detector STEM per a l'adquisició d'imatges en camp clar i camp fosc. La seua resolució és de 1,5 nm. a 120 kV.
El JEM-1400Flash inclou el detector EDS d'Oxford Instruments, mod. Ultim Max TEM sense finestra, amb una àrea de 80 mm2 i tot el programari necessari per a l'anàlisi elemental de les mostres: espectres, mapes, línies i creació d'informes de resultats.