La Junta de Centro es el máximo órgano de gobierno de la Escuela. Organiza y controla la docencia, la distribución de clases y horarios; aprueba Planes de Estudio, aprueba el presupuesto de la Escuela, etc. Está formada por PDI (Personal Docente e Investigador), PAS (Personal de Administración y Servicios) y un grupo de alumnos elegidos por sufragio entre toda la Comunidad estudiantil de la Escuela. Todos los miembros de la Junta están adscritos a la Escuela.

De la Junta de Centro emana la Comisión Permanente, compuesta por el mismo tipo de integrantes, pero en menor número. La Comisión Permanente se encarga del día a día de la Escuela, reuniéndose con más frecuencia y tratando temas como peticiones de profesores y alumnos, convalidación de créditos de libre elección, etc. Todos los temas de relevancia propuestos por la Comisión Permanente se llevan a la Junta de Centro para su aprobación.

Cada uno de los Grados que se imparten en la ETSIAMN tiene asociado unas comisiones académicas de trabajo que tienen atribuidas diversas funciones. Estas funciones van desde el seguimiento de la docencia del título, hasta la atención de las reclamaciones que pudieran surgir.

Cada uno de los Másters que se imparten en la ETSIAMN tiene asociado unas comisiones académicas de trabajo que tienen atribuidas diversas funciones. Estas funciones van desde el seguimiento de la docencia del título, hasta la atención de las reclamaciones que pudieran surgir.

La Comisión de Reclamaciones de Evaluación (CRE) se encarga de resolver las reclamaciones a las que se hace referencia en el artículo 19 de la Normativa de Régimen Académico y Evaluación del Alumnado.