La Unidad de Seguros Sociales gestiona las altas, variaciones y bajas de afiliación del personal de la Universidad, en los regímenes de la Seguridad Social correspondientes, así como la cotización mensual de dicho personal y las prestaciones por maternidad, acogimiento o adopción, paternidad, prestaciones de incapacidad temporal (por enfermedad común, accidente no laboral, enfermedad profesional o accidente laboral) e incapacidad permanente, además de cualquier otro trámite relacionado con la Seguridad Social. Esta Unidad también expide certificaciones de costes por cuota patronal para la justificación de proyectos o convenios de investigación.