Els instituts universitaris d'investigació són centres de gran rellevància i intensa activitat dedicats a la investigació científica, tècnica i artística. La seua creació és aprovada per la Generalitat Valenciana, d'acord amb l'establit en la LOU. Quant a la seua naturalesa, poden ser propis de la universitat -integrats per personal de la UPV i amb dependència exclusiva d'ella- o mixts, és a dir, creats en col·laboració amb altres organismes públics o privats mitjançant un conveni.

Instituts universitaris propis

• Institut de Tecnologia de Materials
• Institut de Disseny per a la Fabricació i Producció Automatitzada
• Institut de Seguretat Industrial, Radiofísica i Mediambiental
• Institut Universitari de Matemàtica Multidisciplinària
• Institut Universitari de Matemàtica Pura i Aplicada

Centres d'Investigació

• Centre d'Investigació de Gestió i Enginyeria de la Producció
• Centre de Tecnologies Físiques: Acústica, Materials i Astrofísica
• Centre d'Investigació en Gestió d'empreses
• Centre de Gestió de la Qualitat i el Canvi

Instituts universitaris mixts i concertats

• Institut Universitari Mixt Tecnològic d'Informàtica