La Magallanes es alcanzada por una luz solar aproximadamente dos veces más intensa que la que nos llega a nosotros en la Tierra. Pero por otro lado, las temperaturas que la nave ha de soportar en las zonas de sombra pueden llegar a los –204 grados centígrados. Durante toda la misión las constantes maniobras de la nave la hacen estar continuamente pasando del calor al frío. El control térmico tiene que realizar un esfuerzo especial para que la electrónica no sufra daños ante estos cambios tan bruscos de temperatura.

Los componentes electrónicos están protegidos por capas térmicas de astrocuarzo, un material similar a la fibra de vidrio, que aíslan y reflejan la luz.

Las antenas están recubiertas por una pintura especial desarrollada en la NASA para reflejar la intensa luz solar a la vez que previenen de la decoloración.

El efecto neto de estos materiales hace que la nave tienda a estar a temperaturas frías. Para asegurar que los componentes más sensibles al frío no estarán demasiado fríos, hay instaladas estufas eléctricas donde se encuentran estos componentes.

ESTRUCTURA Y MECANISMOS
CONTROL DE PROPULSIÓN Y PIROTÉCNICO
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