Los ingenieros, en tierra, ya habían diseñado un modelo para simular los cambios de temperatura que la nave experimentaría en el viaje y una vez en la órbita de Venus. Así, la Magallanes se encargó de validar estos modelos con su propia experiencia.
Lo mismo ocurriría con los modelos de los alimentadores de potencia (la procedente de los arrays solares y la de las baterías).
Una serie de calibraciones de guiado de estrellas fueron llevadas a cabo durante el crucero para determinar con precisión cómo respondía el escáner de estrellas a los conjuntos de estrellas que se habían planeado usar para el apuntamiento en la misión principalde mapeado. Estas calibraciones se llaman STARCALs.
La Magallanes es una nave estabilizada en tres ejes que cuenta con tres volantes de inercia para el control de altitud y de apuntamiento. Cuatro giróscopos proporcionan la información requerida para determinar la altitud. Ya que se requiere una precisión extrema para el apuntamiento del radar cuando tiene que recoger los ecos de la superficie del planeta, varias calibraciones hacen posible que se pueda comprender el comportamiento real de los giróscopos y el sistema completo.
Dos tipos de calibraciones de los giróscopos conducían a corregir dos posibles fuentes de errores. La calibración del factor de escala (SFCAL) permitía la corrección de la diferencia entre el valor que la nave piensa que ha girado y el que en realidad ha llevado a cabo. La calibración de la unidad de referencia de altitud (ARUCAL) permitía la corrección del offset de los ejes de la carcasa de los giróscopos relativos a la estructura de referencia del escáner de estrellas. Durante el vuelo, este offset podía ser diferente del medido antes del lanzamiento.
El apuntamiento de la HGA estaba calibrado para asegurar su precisión mientras se llevaban a cabo las funciones duales de mapeado y telecomunicaciones. Esta actividad es llamada HGACAL.
Otra tarea de precisión era determinar la órbita deseada y su duración. Normalmente las imágenes SAR sólo pueden obtenerse si se conoce la posición exacta de la nave con respecto a la superficie del planeta en cada paso del mapeado. Como la órbita de la Magallanes será altamente elíptica, la distancia a la superficie cambiará a cada momento por lo que se requerirán ajustes frecuentes de las órdenes del radar. Calcular con precisión los ajustes necesarios depende totalmente de un conocimiento preciso de la órbita.
La tarea de determinación de la órbita cuenta con una técnica de navegación denominada "diferenciador Doppler", que lleva a cabo medidas de la señal de la nave utilizando antenas de seguimiento y los complejos de la Deep Space Network (DSN) de España y California (a veces Australia y California). El diferenciador Doppler tras obtener las medidas necesarias se encarga de refinar las técnicas, verificar los procedimientos que serán utilizados en órbita y nos asegurará la precisión suficiente para predecir la órbita de tal modo que obtengamos una buena adquisición de datos del radar.
Otras actividades importantes llevadas a cabo en la Tierra y que conciernen a la interacción con la nave fueron los Mapping Readiness Tests, puestos en funcionamiento en los emplazamientos de la DSN. Esos tests verificaban que la DSN estaba preparada para soportar operaciones de mapeado. La Magallanes enviaría 1,8 Gbits de datos hacia la Tierra en cada órbita. Como los datos se almacenarían en cintas grabadoras durante cada mapeado y sobrescritos con nuevos datos durante la siguiente vuelta, sólo había una oportunidad en cada órbita de enviar los datos a la estación de la DSN. Además, la línea de tiempo sólo le daba un minuto a la estación para localizar la señal de la nave antes de que diera comienzo el flujo de datos. Las operaciones de búsqueda y grabado de datos debían llevarse a término sin ningún obstáculo para evitar saltos o vacíos en el mapa de Venus. El resultado de los tests verificó que ambas operaciones deben ocurrir en un minuto.
En diciembre de 1989 la electrónica del radar fue revisada por primera vez desde antes del lanzamiento. Se revisó tanto el sistema radar como el hardware. Otro test más complejo fue llevado a cabo en mayo de 1990.
Los escáners de estrellas eran puestos en marcha diariamente para permitir corregir el apuntamiento de la nave. Los volantes de inercia eran desaturados dos veces al día para eliminar el momento acumulado de los pequeños impulsos rotativos de la nave causados por la radiación solar.
