La UPV organiza su actividad investigadora y de transferencia de tecnología a través de diferentes estructuras. Entre ellas, se pueden citar los departamentos universitarios, los institutos universitarios de investigación y las estructuras propias de investigación (conocidas como EPI). Completan esta serie los grupos de I+D+i, que resultan de la libre agrupación de PDI y de otro personal en torno a unas determinadas líneas de experimentación.